עם שובה לארץ ד"ר שכטר-עמיר השתלבה במכון לרפואת שינה ועייפות במרכז הרפואי ע"ש שיבא, תל השומר. ד"ר שכטר-עמיר ניהלה את מכון השינה החל משנת 2006 ועד סגירת המכון בסוף שנת 2014. בשנים אלו המכון הציע שירותי איבחון וטיפול בכל הפרעות השינה במבוגרים ובילדים וכן העניק ייעוץ לחולים מאושפזים. במקביל, ד"ר שכטר-עמיר המשיכה עבודתה כנוירולוגית במרפאת אפילפסיה במרכז הרפואי ע"ש שיבא, תל השומר.
כיום ד"ר שכטר-עמיר עובדת כנוירולוגית בכירה במרכז הרפואי וולפסון, במכבי שירותי בריאות וכן כפוסקת בוועדות רפואיות (ועדת ערר עליונה) במשרד הביטחון.
מרפאת פרטית – אופק פלוס קרית אונו – יועצת בתחום רפואת שינה.